A jeśli o to chodzi, to w trakcie eksploracji ogromnej mapy (rozbudowano ją o dodatkowe dzielnice) w dowolnym momencie możemy przeskakiwać pomiędzy Peterem a Milesem. Każda z postaci posiada własne unikatowe zadania, które musi wykonać osobiście. Pomimo tego, że oboje są Spider-Manami, gracz od początku czuje, nad jakim bohaterem ma kontrolę, chociażby poprzez inne podejście do walki. Morales doskonale radzi sobie, wykorzystując swoje zdolności elektryczne, natomiast Parker początkowo może liczyć na wsparcie metalowych ramion, zaś później wchodzi w posiadanie symbionta, co odblokowuje dodatkowy wachlarz ruchów. Pajączki mają także własne drzewka rozwoju oraz unikatowe stroje do odblokowania.