Twórcy przekonują, że ich dzieło nie będzie działało na zasadzie puzzli, gdzie trzeba działać w określony sposób, aby zaliczyć poszczególne misje. Jagged Alliance 3 ma być swoistym symulatorem najemników, w których nigdy nie ma jednej, słusznej drogi do osiągnięcia celu. Na przebieg zadania wpływają między innymi takie czynniki, jak warunki atmosferyczne, oświetlenie lokacji, ukształtowanie terenu oraz liczba przeszkód, za którymi można się ukryć. Od gracza zależy, czy wywoła chaos w szeregach wroga, ostrzeliwując ich z broni ciężkiej czy może jednak będzie wolał działać powoli i po cichu, nie wzbudzając żadnych podejrzeń.