Po raz kolejny głównymi bohaterami zostali tytułowy Pikachu oraz niejaki Tim Goodman. Chłopak jako jedyny człowiek na świecie jest w stanie porozumiewać się ze swoim pokemonem, który okazał się być wytrawnym detektywem. Obaj protagoniści muszą ze sobą ściśle współpracować, aby rozwikłać kilka tajemniczych spraw w mieście Ryme City, gdzie stworki żyją we wspólnocie z ludźmi. Zadaniem Tima jest przesłuchiwanie innych osób, natomiast Pikachu odpowiada za kontakty z innymi poksami. Zabawne jest to, że tylko on je rozumie, więc gracze na dobrą sprawę nie są pewni, o czym rozmawiają.