Z racji tego, że mamy do czynienia ze spin-offem serii, tym razem nie przejmujemy kontroli nad Karlem Fairburnem, ale nowym bohaterem, znanym jako Harry Hawker. Wydarzenia ze Sniper Elite: Resistance dzieją się w tym samym czasie, co fabuła „piątki”, lecz zabierają nas do innych miejsc na terenie okupowanej Francji. Zadaniem protagonisty jest powstrzymanie nazistów pracujących nad specjalną bronią biologiczną, która powstała po to, aby powstrzymać Aliantów podczas operacji Overlord. W trakcie dziewięciu misji będziemy zwiedzać najróżniejsze lokacje, aby zniszczyć wyznaczone cele, jednocześnie poszukując osób odpowiedzialnych za rozwój tej technologii. Presja jest ogromna, ponieważ w przeciwnym razie losy wojny zostaną zmienione na korzyść państw Osi.