Podobnie jak w starszych częściach, tutaj również mamy do czynienia z bardzo nietypowym podejściem do gier strategicznych. W produkcji zabrakło klasycznego kursora, charakterystycznego dla RTS-ów – zamiast tego otrzymaliśmy możliwość bezpośredniej kontroli nad głównym bohaterem, wokół którego będą poruszają się zdobyte Pikminy. W trakcie zabawy musimy wydawać im polecenia, by rozwiązać zagadki środowiskowe lub podczas walki z przeciwnikami. W grze dostępnych jest aż osiem rodzajów stworków (czerwone, żółte, niebieskie, lodowe, fioletowe, białe, kamienne, skrzydlate) oferujących różne umiejętności.