Ninjutsu i Przebudzenie również odegrają ważną rolę. W tej grze gracze będą mogli wybrać maksymalnie 6 umiejętności Ninjutsu, aby zyskać przewagę nad przeciwnikami. Mogą także obudzić się w nowej formie, która da im większą moc, aby odwrócić losy na swoją korzyść. Aby spróbować zakończyć bitwę, gracze mogą wykorzystać całą swoją czakrę i uwolnić potężną Tajną Technikę, która przy wyborze konkretnych postaci może zamienić się w Tajną Technikę Kombinacyjną.