Wadą chłodzenia wodnego jest stosunkowo wysoka cena poszczególnych komponentów zestawu. Z drugiej strony, pozwala ono np. wyeliminować cooler CPU, który bardzo często jest jednym z najgłośniejszych wentylatorów w komputerze. Zaletą systemu jest też jego ciekawa estetyka, co dla wielu miłośników tuningu PC ma ogromne znacznie. Nie możemy również zapomnieć, że pod względem wydajności chłodzenie wodne jest zdecydowanie najskuteczniejsze (oczywiście pod warunkiem poprawnego założenia). Dodajmy, że bardziej doświadczeni użytkownicy budują wciąż samodzielnie własne instalacje wodne, korzystając jednak tym razem z markowych komponentów. Ich planowanie, konstrukcja i konserwacja stanowi dla nich sporą frajdę.