Gracze przejmują kontrolę nad jednym z kolonistów (sami tworzymy postać, ustalając jej wygląd), a jednocześnie członkiem organizacji. Jednym z naszych zadań jest skakanie po szczebelkach kariery, aby zwiększyć swoje wpływy na Mirze. Sytuacja szybko się jednak komplikuje, gdy wychodzi na jaw, że pewna obca rasa zrobi wszystko, aby doprowadzić do całkowitej zagłady ludzkości. Oczywiście to tylko drobny zalążek fabuły, ponieważ ta jest niesamowicie rozbudowana i wielowątkowa. Jednakże odkrywanie jej sekretów stanowi sedno zabawy, dlatego nie zamierzam zdradzać niczego więcej. Dodam tylko, że Definitive Edition zostało rozbudowane o nowy – swoją drogą, bardzo ciekawy! – wątek poświęcony pewnej tajemniczej postaci.