Najnowsza odsłona Assassin’s Creed zabiera nas do Japonii i opowiada o wydarzeniach, które rozpoczynają się w 1579 roku. Historia zaczyna się w chwili, gdy niewolnik Diogo (później określany mianem Yasuke) dociera do Kraju Kwitnącej Wiśni razem z portugalskimi duchownymi. Czarnoskóry mężczyzna jest silny i postawny, a do tego umie rozmawiać po japońsku, dlatego Oda Nobunaga przyjmuje go do swojej armii. Po przeskoku czasowym bierzemy udział w brutalnym ataku na wioskę klanu Iga, podczas którego musimy wymordować przeciwników obecnego władcy. W tym momencie akcja przeskakuje na drugą grywalną bohaterkę, czyli niejaką Naoe. Jej ojciec zostaje zamordowany, a do tego skradziono mu pewną skrzynką skrywającą tajemnice zakonu asasynów. Dziewczyna odnosi poważne obrażenia, a po rekonwalescencji postanawia dokonać zemsty.